Awal berdirinya Perinasia tercetus pada saat berlangsungnya Penataran Perinatologi, kerjasama antara Perkumpulan Obstetri dan Ginekologi Indonesia (POGI) dengan The Royal Australian College of Obstetricians and Gynaecologist, yang diselenggarakan oleh Bagian Obstetri & Ginekologi dan Bagian Ilmu Kesehatan Anak FKUI/RSCM pada tahun 1981. Ketika itu almarhum Prof. dr. Sudradji, SpOG yang juga peserta penataran mendorong almarhum Prof. Dr. dr. Gulardi H. Wiknjosastro, SpOG(K) dan dr. Winahyo Hardjoprakoso, SpOG untuk mendirikan suatu wadah yang dapat mengembangkan Perinatologi di Indonesia.
 
Tepatnya pada tanggal 13 Juni 1981, berdirilah Perinasia yang ditandai dengan penandatanganan Piagam oleh 59 orang. Segala sesuatu yang berhubungan dengan pengesahan Perkumpulan saat itu ditugaskan kepada Panitia Persiapan Perkumpulan Perinatologi Indonesia yang diketuai almarhum dr. Harun Harahap, SpOG. Saat ini piagam tersebut terpampang di ruang tamu kantor Perinasia.

Satu tahun setelah berdirinya Perinasia, diadakan pertemuan yang akhirnya memilih Prof. dr. Hans E. Monintja, SpA(K) sebagai Ketua Umum Perinasia yang pertama. Tahun 1985, Dr. R. Hariadi, SpOG (Surabaya) terpilih menjadi Ketua Umum Perinasia yang kedua. Lalu pada tahun 1988, Prof. Gulardi terpilih sebagai Ketua Umum yang ketiga dan saat kepemimpinan beliau, Perinasia yang tadinya lebih mencurahkan perhatian pada intervensi di bidang klinis, secara perlahan fokus ke arah “Community Health”. Diakuinya hal tersebut terjadi karena adanya gap antara klinik dengan kebutuhan yang ada di masyarakat. Namun kondisi ini dianggap lebih menguntungkan karena Perinasia langsung memenuhi tuntutan masyarakat. Sejak kepemimpinan Prof. Gulardi jugalah Perinasia mulai berkiprah sebagai anggota FAOPS (Federation of Asia Oceania Perinatal Society).

Setelah berkiprah 30 tahun, telah banyak perubahan di organisasi Perinasia, diantaranya kepengurusan yang silih berganti dalam 10 periode, jumlah Cabang di tingkat propinsi berkembang menjadi 22 Cabang, ragam aktifitas organisasi bertambah dari tahun ke tahun, dan sejak 1991, Perinasia yang awal mulanya menumpang kesekretariatan di RSCM telah memiliki kantor sendiri.

Berikut nama Ketua Umum Perinasia dalam 10 periode.